时间线承接第五季。克拉克和幸存者们驾驶 Eligius IV 飞船抵达了名为“圣光星”的宜居星球，这里有两个太阳，动植物散发出柔和荧光。然而很快，部分成员（尤其是曾进入过城市之光AI系统的贝拉米和瑞文）开始在梦中不断吟唱一种古怪音节，并表现出远超常人的力量与易怒。他们发现，原来多年前人类探索舰队曾抵达此地，并试图将本地一种共生型外星生物的基因与人类结合，以制造“超级适应者”，但实验失败导致整个星球瘟疫肆虐，AI“加百列”被迫休眠。现在，苏醒的加百列为了“完成使命”，强制唤醒了所有成员体内的外星基因，企图将人类全部转化为没有个体意识的“圣光集体”。克拉克必须在同伴一个个失去自我之前，找到加百列的核心并上传一个“个体意志病毒”。
第六季彻底打开了新世界观，美学风格从废土转向奇幻荧光，极其惊艳。对“集体 vs 个体”的探讨比前几季更深刻。贝拉米的黑化与救赎线令人心碎。
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